Ông tên thật là Bùi Văn Thận, sinh ngày 10 tháng 9 năm 1920, quê quán: thôn Lời, xã Đặng Xá, huyện Gia Lâm, tỉnh Bắc Ninh, nay là thành phố Hà Nội.

• Năm 1937, ông được giác ngộ cách mạng qua nhóm thanh niên sinh viên Dân chủ trường Bưởi Hà Nội do ông Lê Toàn Thư phụ trách. Ông tham gia Hội Truyền bá chữ Quốc ngữ[8], tổ chức lập các Hội nghiên cứu sách báo, thể thao, văn nghệ... tại địa phương. Năm 1939, ông tổ chức mở lớp học, vừa dạy chữ vừa tuyên truyền giác ngộ cách mạng thanh thiếu niên, vận động nhân dân xây dựng phát triển các cơ sở đoàn thể cứu quốc của Mặt trận Việt Minh đấu tranh chống Nhật, Pháp ở địa phương[9].

• Tháng 8 năm 1944 đến tháng 3 năm 1945, ông bị thực dân Pháp bắt giam ở nhà tù Bắc Ninh, rồi chuyển về nhà tù Hoả lò Hà Nội, từ thời gian này ông dùng bí danh Bùi Phùng.

• Ra tù, ông được Tỉnh bộ Bắc Ninh giao công viêc tham gia tổ chức chuẩn bị Tổng khởi nghĩa giành chính quyền ở 5 huyện nam sông Đuống (thuộc phủ Thuận An), tỉnh Bắc Ninh.

• Ngày 22 tháng 8 năm 1945, chính quyền Cách mạng huyện Gia Lâm được thành lập, ông được Tỉnh bộ Bắc Ninh giao làm Chủ tịch Uỷ ban Cách mạng lâm thời huyện Gia Lâm [10].

• Năm 1946, Chủ tịch Uỷ ban Kháng chiến - hành chính huyện Quế Dương, tỉnh Bắc Ninh.

• Cuối năm 1947, Tỉnh uỷ viên kiêm Bí thư huyện Võ Giàng, sau đó làm Trưởng Ban Đảng vụ Tỉnh ủy Bắc Ninh[11].

• Năm 1949, Phó ban Đảng vụ Liên khu ủy Việt Bắc[12], sau đó được cử đi học Trường Đảng Trung ương Nguyễn Ái Quốc khoá 2 tại Việt Bắc.

Tháng 3 năm 1950, ông được điều động chuyển công tác vào Quân đội:

Từ tháng 3 năm 1950 đến tháng 7 năm 1954:

• Ông là một trong 36 cán bộ đầu tiên khi thành lập Cục Vận tải thuộc Tổng cục Cung cấp (nay là Tổng cục Hậu cần). Ông được giao làm Chủ nhiệm Chính trị, Bí thư Liên chi bộ Cục Vận tải.

• Chỉ huy trưởng Trung trạm vận tải Việt Bắc, rồi Trung trạm trưởng vận tải Liên Khu 3,4 thuộc Cục Vận tải.

• Trưởng phòng Kế hoạch Cục Vận tải.

• Ông đã tham gia đảm bảo vận tải cho các chiến dịch: Chiến dịch Biên giới - 1950; Chiến dịch Trần Hưng Đạo 1951; Chiến dịch Hoàng Hoa Thám 1951; Chiến dịch Quang Trung 1951; Chiến dịch Hòa Bình 1951; Chiến dịch Tây Bắc 1952; Chiến dịch Thượng Lào 1953 và trong chiến dịch Điện Biên Phủ, ông phụ trách điều hành kế hoạch vận tải đảm bảo vật chất hậu cần và kỹ thuật cho toàn Chiến dịch[13].

Từ tháng 8 năm 1954 đến tháng 6 năm 1964:

• Hiệu phó, Phó Bí thư Đảng uỷ Trường Cán bộ Cung cấp (đơn vị tiền thân của Học viện Hậu cần).

• Học viên Khoa Chỉ huy Hậu cần - HVHC Trung Quốc.

• Quyền Hiệu trưởng Trường Sĩ quan Hậu cần[14].

• 1961 - 1964, Tham mưu phó Tổng cục Hậu cần. Chủ nhiệm hậu cần chiến dịch Cánh đồng Chum - Xiêng Khoảng (1961) và chiến dịch Nậm Thà (1962) tại Lào.

Năm 1964 đến năm 1975, ông vào chiến trường miền Nam:

• Tháng 6 năm 1964, ông được điều động vào chiến trường miền Nam (B2), hành quân theo đường biển trên “con tàu không số” [15][16]. Ông được giao làm Phó Chủ nhiệm kiêm Tham mưu trưởng, rồi Chủ nhiệm Hậu cần Quân giải phóng miền Nam [17] thuộc Bộ chỉ huy Miền[18].

• Ông từng là Chủ nhiệm Hậu cần Bộ Chỉ huy các chiến dịch của Quân giải phóng miền Nam Việt Nam như: Bình Giã, Đồng Xoài, Chiến dịch Mậu Thân 1968, Chiến dịch Xuân 1969, Chiến dịch Đông Bắc Campuchia 1970, Chiến dịch Nguyễn Huệ, Chiến dịch Đường 14 - Phước Long, Chiến dịch Tổng tiến công và nổi dậy mùa Xuân 1975 - chiến dịch Hồ Chí Minh[19].

Sau ngày Sài Gòn được giải phóng:

• Đầu năm 1976, Trưởng đại diện Thủ trưởng Tổng cục Hậu cần ở phía Nam.

• Tháng 5 năm 1976 đến tháng 3 năm 1977, Phó Chủ nhiệm Tổng cục Hậu cần.

• Tháng 3 năm 1977, Chủ nhiệm Tổng cục Hậu cần và được bầu làm Bí thư Đảng uỷ Tổng cục [20].

• Tháng 11 năm 1977 đến năm 1982, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng kiêm Chủ nhiệm Tổng cục Hậu cần.

• Từ năm 1980, Thứ trưởng thường trực Bộ Quốc phòng kiêm Phó Chủ nhiệm Uỷ ban Kế hoạch Nhà nước (nay là Bộ Kế hoạch và Đầu tư).

• Ông là Uỷ viên Thường vụ Quân uỷ Trung ương, Uỷ viên Hội đồng Quân sự Bộ Quốc phòng [21] và Hội đồng Xét tặng các danh hiệu vinh dự Nhà nước [22].

• Tháng 12 năm 1988, ông thôi giữ chức Thứ trưởng Bộ Quốc phòng, bàn giao cho Trung tướng Nguyễn Trọng Xuyên.

• Từ tháng 2 năm 1990 đến tháng 11 năm 1992, ông được Ban Bí thư Trung ương Đảng khóa VI chỉ định tham gia vào Ban chấp hành Lâm thời Trung ương Hội Cựu chiến binh Việt Nam và được cử làm Uỷ viên Thường trực [23].

• Tháng 4 năm 1992, ông thôi giữ chức Phó Chủ nhiệm Uỷ ban Kế hoạch nhà nước.[24]

• Ông là Uỷ viên Trung ương Đảng CSVN Khoá IV (nhiệm kỳ 1976-1982)[25] và Uỷ viên Trung ương Đảng CSVN Khoá V (nhiệm kỳ 1982-1986)[26]

• Ông là Uỷ viên, Uỷ ban Kinh tế - Kế hoạch và Ngân sách của Quốc hội khoá VII (nhiệm kỳ 1981-1987)[27] và Quốc hội khóa VIII (nhiệm kỳ 1987-1992).[28]

• Ngày 22 tháng 11 năm 1999 (tức 15 tháng 10 năm Kỷ Mão), Thượng tướng Bùi Phùng đã trút hơi thở cuối cùng tại Bệnh viện Trung ương Quân đội 108, thọ 79 tuổi; An táng tại Nghĩa trang Mai Dịch Hà Nội.